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柑橘类根系发达。用压条或扦插方法繁殖的无主根。土壤条件良好时，侧根多而水平分布范围广，常有菌根共生，侧根上的细根再生能力强，露出土面的根部易生根蘖。很多种类、品种的枝上具针刺。芽为复芽。一个叶腋一般萌发一个新梢，余呈休眠状态。新梢停止生长时，顶芽自行凋落，是柑橘类果树特有的“自剪”现象。这时由先端的一个侧芽代替顶芽作用，因此枝条常呈扭曲状态。未萌发的芽可多年保持萌发能力。生产上常利用这个特性，通过刺激隐芽萌发来修补残缺树冠或行老树更新。复叶，由 3片小叶组成，或为“单身复叶”。除枳为落叶性外，柑橘属及金柑属均为常绿树。完全花，芳香，蜜腺发达。有单花和花序两类。花器发育不全现象较为常见，容易产生少核或无核的果实；有时也有单性结实。
枳在冬季有明显的休眠期，金柑属和柑橘属几乎周年均有生长活动。一般每年抽梢3～4次。春梢抽发较整齐，数量***多，其中一部分是当年结果枝；夏梢是培养幼树树冠的主要枝梢；秋梢大多是次年的结果母枝。在春梢的基础上可再抽生二次、三次梢。冬梢在生产上无意义，宜及早抹除。多数种类每年春季开花1次，但柠檬、枸橼周年均可开花结果，金柑属从6～7月开花后大约每隔一个月左右连续开花2～3次，各次花均能结实。柑橘的花量大，但着果率不高。一般自花传粉受精，但沙田柚需要异花传粉才能提高产量。从谢花到果实成熟，需时6～14个月，因种类、品种而异。
果实由合生心皮发育而成，多肉多浆特称“柑果”。外、中果皮紧贴，组成韧性的果皮，外果皮含有很多油胞；中果皮呈海绵状，与外果皮之间界限难分；内果皮形成囊瓣（即子房室），又名瓤囊，囊瓣内着生纺锤状的多汁突起物，称汁胞，是柑橘的主要食用部分（见图）。种子通常为多胚性，只有一个有性胚，余为未经受精、从珠心细胞产生的无性胚，称珠心胚；少数种类为单胚性。多胚性种子萌发时，有性胚往往败育，实生后代多由无性胚发育而来，能保持母该品种的基本性状，但也给杂交育种带来困难。染色体数一般为2n=18。种间、属间容易杂交，枝芽易生变异（芽变）。嫁接亲和性一般良好，有可能提供广泛的砧穗组合，满足生产或其他特殊用途的需要。
