然而，由于很多人对化肥的用量和不合理的施肥，导致了很多不好的负面影响被过分放大，让很多人都对化肥的使用有了质疑。和营养过剩带来的高血压、高血糖、不合理饮食等一系列健康问题一样，养分搭配不合理、养分搭配不合理、施用方式粗放等错误方式也会对粮食安全产生负面作用。据研究，化肥养分流失对农业源氮、磷排放的贡献分别为11.2%和25.7%。实际上，施下去的肥并没有被当季做务吸收的钾、磷元素会直接留在土壤里，为下季作物所吸收。科学施肥的一项重要作用就是将土壤里遗留下来的营养物充分的利用起来，力求将养分循环利用的效率提高。
当前，我国农业生产遇到“地板”和“天花板”的双重价格成本的挤压，只有将生产方式转变，将过量的农资成本降低，才能出现农业提效增高的局面。多数有专业知识的人认为推动化肥减量增效是转方式、农业调结构，是实现绿色发展的关键措施。为此，必须在精、调、改、替四方面下功夫。
一、持续推进精准施肥。根据不同区域的作物产量潜力、土壤条件和养分综合管理要求，合理制定各区域、作物单位面积施肥限量标准。实践表明，精准施肥就能为每亩的作为减少5kg的肥料，增产5%～8%，农民增收100元；像果菜茶这种作物更是可以减 肥20kg～90kg，增产10%～20%，增收超过2000元。但是，由于我国土壤类型多样、所制定的土地种植复杂，农田多达7亿多块，若是让每一块农田达到精准施肥的话，就需要长期的时间，需要技术、政策和制度的综合保障。
二、调整化肥使用结构。我国的农户较为分散，因此，过去常用通用型的化肥为主要肥料。此类产品只能基本满足生产要求，但很明显不是好的产品。为此，要优化氮、磷、钾的配比，增强大量元素与中微量元素的配合增效作用，使土壤对营养物吸收的更高效。同时，要针对我国不同的土壤条件和不同的作物条件，发展适宜的高效肥料产品，并且能够确定这些营养能够充分吸收到作物里。这就需要肥料工业切合农业需求升级产品，肥料营销系统货真价实服务用户，农业领域深入创新本地化技术。
三、改进生产施肥方式。目前，由于农机不足和劳动力短缺 ，化肥表施、撒施等不合理施肥现象比较普遍。要加快的去推广高效的施肥方式，推动施肥方式转变。研究表明，氮肥表施养分挥发会超过20%，而深施覆土就可以降低到5%以内。设施蔬菜以及部分大田肥料是随水冲施，可逐步改为水肥一体化、叶面喷施等。施肥方式的改变需要肥料、农机、农艺、产品的紧密配合，这是一项系统工程，需要协同攻关与集成推广。
四、有机肥料部分替代。我国养殖业很发达，有机肥中含有的养分与化肥提供的氮磷钾养分大概一致。但是，有机肥中的养分还田率仅40%左右，不仅没有发挥肥效，而且成为乡村污染源。长期而言，如果粮田、果园不用有机肥，不仅影响产量，而且制约了土壤生产力的提高。通过合理利用有机养分资源，特别是在水果、设施蔬菜、茶叶上用有机肥替代部分化肥，推进有机无机结合，可以在提升耕地基础地力的同时，实现增产增效、提质增效