明确农民、农民合作组织和村集体组织作为小型农田水利项目建设和管护的主体单位。改变传统的“集体所有、集体收益、集体出资”管护模式，根据农田水利设施的规模、投资来源、现状和效益等情况，在做好资产评估的基础上，按照公开、公正、公平的原则，按照受益对象和范围，将财政投资形成的资产转为集体股权，或者量化为受益农户的股份。按照“谁受益、谁负责”的原则，通过分摊、公约或竞拍等方式将管护责任分解落实到项目受益村民、农民专业合作组织或承包经营单位。
因地制宜，分类指导，培育多种形式的新型管护模式。经营承包模式，以承包确权为核心的小型农田水利设施管理制度改革，将小型农田水利设施的经营权承包到农户；村民“自选、自建、自管、自用”模式，由村集体申报农田水利项目和选举项目建设理事会，负责组织施工、材料采购、设备租赁和财务管理；用水户协会管护模式，成立农民用水协会，通过征收水费，组织管护农田水利设施；专业化管护队伍模式，水管单位推行管养分离，组成专业养护队；委托企业管护模式，涉农企业签订流转土地范围内小农水工程托管协议，在产权归集体的基础上管护流转土地范围内农田水利设施；合作社模式，建立水利专业合作社，服务农田水利建设和管护。
健全农田水利设施建管服务体系。发挥基层政府和主管部门、乡镇水利服务机构的服务职能，在农田水利设施的设计、施工、招标、验收等重点环节加强指导和技术服务，在农田水利设施的管护环节探索准公益性的专业化、物业化管理模式，完善管理制度，建立奖惩机制和监督考核体制，建成职责明确、形式多样、管理高效、服务到位、充满活力的小型农田水利工程管理服务体系。
深化农业水价综合改革。供水价格长期低于供水成本，农业水费不能体现水商品属性，是造成水利工程老化失修严重、效益低下的重要原因之一。推进农业水价综合改革，建立反映水资源稀缺状况、供水成本、农业用水结构和农民承受能力以及促进农业节水和水资源合理配置、提高水资源利用效率的农业水价形成机制。由政府投资或补助建设的农田水利设施，水价按照保障正常运行维护的原则合理制定；由社会资本投资的农田水利设施，按照补偿供水成本、合理营利的原则制定基准价格，适当扩大上下浮动幅度，确保社会资本投资经营农田水利设施有利可图。合理确定农业用水定额，加快建立定额内用水优惠、超定额用水累进加价的水价制度。强化农业用水精细化管理，研究建立种植业和养殖业用水、种植业内部粮食作物、经济作物、设施农业、林果业等分类水价制度。
加快金融支持农田水利建设和管理。一是实行“以水养水”，培育合格的承贷主体。采取将农田水利设施所有权与经营权分离的方式，准许个人承包、租赁经营，承包人可与所有者签订合法的承包合同，或采取竞标拍卖、租赁、股份合作或联营等多种方式，使小型农田水利设施实现商品化，作为金融机构的抵押品，吸引社会更多的投资者和社会资金前来投资水利建设，共担投资风险。二是推行农田水利建设贴息政策。对农田水利建设由各级财政给予贴息或承担全部利息；为农田水利建设提供减免税费的政策，减轻承贷主体的经济负担；地方政府按投资比例给予辖内支持农田水利建设的金融机构奖励，充分调动金融机构支持农田水利建设的积极性。三是制定农田水利建设风险和损失补偿政策，发展农田水利保险（放心保）。通过政府推动、政策支持、商业化运作的经营模式，明确保费补贴品种，扩大保费补贴区域，提高保障水平。引导保险机构发展农田水利设施保险，创新产品服务，增强农民的参保意识。四是加快金融支持农田水利建设的产品创新。拓宽农村有效担保物范围，创新担保形式多样的涉农信贷产品，完善涉农信贷风险分担机制；探索开展大型农田水利设备、大型农机具等融资租赁业务。此外，还可在有关部门的引导协调下，发放银团，提高贷投放能力，加大对农田水利建设的金融支持力度。
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